"Villapinzon" fue fundado por Francisco de Vargas en 1764, con el nombre de Hatoviejo, donde mandó levantar el 1o. de octubre una capilla a orillas de la quebrada "La Quincha" en el sitio la quinta; se erigió en parroquia el 1o. de diciembre de 1773; el primer cura fue Juan Gregorio Carrillo, el primer alcalde fue Miguel Hernández el 1776.

Hatoviejo pertenecía a la provincia de Tunja reconocida en la constitución de la República de Tunja de diciembre 9 de 1811. Por Decreto Nacional de julio 22 de 1850 se agregó al cantón de Chocontá.

La Asamblea de Cundinamarca por Ordenanza 10 de mayo 1o. de 1803 se le cambió el nombre por el de Pinzón en honor del General Próspero Pinzón y por Ordenanza 18 de junio 23 de 1604 le dio el título de "Villa" quedando Villapinzón.

El 23 de noviembre de 1817 fue fusilado en Chocontá Leonardo Cuervo de la Guerrilla los los Almeydas, oriundo de Hatoviejo.El 26 de febrero de 1791 murió Don Juan Manuel de Segura, nacido en 1724, padre de Juan Manuel Segura uno de sus primeros patricios. El 25 de noviembre de 1812 se libró el primer combate entre centralistas y federalistas, quienes fueron derrotados por el capitán Tadeo Vergara.

El 21 de abril de 1831 en el sitio de "Las Pilas" hacia el lado de Chocontá, las fuerzas dictatoriales del General Urdaneta derrotaron las de los coroneles Mariano Acero y José María Bernal quienes se habían sublevado. En 1880 se incendió la casa cural y se quemó parte de su archivo.

En 1883 se estableció el primer hotel sobre el camino un kilómetro al sur del poblado por Don Pedro Antonio Sánchez. Por Resolución del 27 de julio de 1889 se adjudicó a Pedro Antonio Sánchez, Lisímaco Palau y José Rivas Grot la explotación de una mina de esmeraldas en la vereda de Chiquira. El mercado local fue establecido el día lunes por acuerdo No. 1 de enero 2 de 1894 y trasladado al domingo en 1906. Por Acuerdo del 18 de enero de 1894 el cabildo dispuso que todos los productos agrícolas deben traerse al mercado local.

Por Decreto 181 de septiembre 18 de 1895 el Gobernador Próspero Pinzón se ordenó construir el sector de la carretera en la parte correspondiente al municipio. Por Ordenanza 1o. de 25 de marzo de 1916 se creó el Colegio "Próspero Pinzón" , inició tareas en 1925. En febrero de 1929 llegó la primera locomotora del ferrocarril del Nordeste, siendo Gerente el General Eduardo Briceño. En 1970 se inauguró la estación repetidora y rectificadora de la estación satélite de Chocontá.